Στο πρόγραμμα «Δίκτυο Φύση 2000 – Natura» θα συμπεριληφθούν πιθανότατα 6 ευαίσθητες οικολογικά περιοχές της Μεσσηνίας. Συγκεκριμένα πρόκειται για την λιμνοθάλασσα της Πύλου, το θαλάσσιο στενό της Μεθώνης, το ακρωτήρι Ακρίτα, το φαράγγι του Νέδοντα, τη Σαπιέντζα και τη Σχίζα.